La biblioteca de la Fundación Botín está especializada en arte, desde el siglo XIX a nuestros días, y en música. En la actualidad el catálogo en línea recoge 28.000 documentos entre monografías, revistas, partituras, dvd´s y grabaciones sonoras. Abierta al público en 1994, tiene su origen en la biblioteca personal de D. Federico Sopeña (1917-1991), director del Conservatorio Superior de Música de Madrid entre 1951-1956 y del Museo del Prado durante 1981-1982.

Además existen publicaciones específicas elaboradas desde las áreas de actividad de la Fundación: Arte, Desarrollo Rural, Música, Observatorio de Tendencias, constituyendo así un importante fondo documental y de investigación.